Diferentemente das outras corridas, a largada em Monte Fuji só aconteceu na volta 18, por causa da forte chuva, o safety car entrou no asfalto e puxou a fila de carros no circuito até que a pista oferecesse condições para a competição. Hamilton, no entanto, conseguiu superar a água e manteve a primeira posição quando os carros ganharam velocidade. Muitos pilotos acabaram saindo da pista ou sofreram acidente. O próprio Hamilton acabou se chocando com um rival e quase teve de deixar a disputa. Alonso, por sua vez, não teve a mesma sorte. Ele passou batido numa curva e destruiu sua McLaren na volta 41.

Confira a classificação da corrida após 67 voltas:
1.º Lewis Hamilton (ING/McLaren) – 2h00min34s579
2.º Heikki Kovalainen (FIN/Renault) – a 8s337
3.º Kimi Raikkonen (FIN/Ferrari) – a 9s478
4.º David Coulthard (ESC/Red Bull) – a 20s297
5.º Giancarlo Fisichella (ITA/Renault) – a 38s864
6.º Felipe Massa (BRA/Ferrari) – a 49s042
7.º Robert Kubica (POL/BMW Sauber) – a 49s285
8.º Vitantonio Liuzzi (ITA/Toro Rosso) – a 55s622
9.º Adrian Sutil (ALE/Spyker) – a 1min00s129
10.º Rubens Barrichello (BRA/Honda) – a 1min28s213
11.º Jenson Button (ESC/Honda) – a uma volta
12.º Sakon Yamamoto (JAP/Spyker) – a uma volta
13.º Jarno Trulli (ITA/Toyota) – a uma volta
14.º Nick Heidfeld (ALE/BMW Sauber) – a duas voltas
15.º Takuma Sato (JAP/Super Aguri) – a duas voltas
Não se classificaram:
Ralf Schumacher (ALE/Toyota) – 55 voltas
Anthony Davidson (ING/Super Aguri) 54 voltas
Nico Rosberg (ALE/Williams) – 49 voltas
Sebastian Vettel (ALE/Toro Rosso) – 46 voltas
Mark Webber (AUS/Red Bull) – 45 voltas
Fernando Alonso (ESP/McLaren) – 41 voltas
Alexander Wurz (AUT/Williams) – 19 voltas